БЕСПЛАТНАЯ БИБЛИОТЕКА РОССИИ

НАУЧНО-ПРАКТИЧЕСКИЕ КОНФЕРЕНЦИИ

<< ГЛАВНАЯ
АСТРОНОМИЯ
БЕЗОПАСНОСТЬ
БИОЛОГИЯ
ЗЕМЛЯ
ИНФОРМАТИКА
ИСКУССТВОВЕДЕНИЕ
ИСТОРИЯ
КУЛЬТУРОЛОГИЯ
МАШИНОСТРОЕНИЕ
МЕДИЦИНА
МЕТАЛЛУРГИЯ
МЕХАНИКА
ПЕДАГОГИКА
ПОЛИТИКА
ПРИБОРОСТРОЕНИЕ
ПРОДОВОЛЬСТВИЕ
ПСИХОЛОГИЯ
РАДИОТЕХНИКА
СЕЛЬСКОЕ ХОЗЯЙСТВО
СОЦИОЛОГИЯ
СТРОИТЕЛЬСТВО
ТЕХНИЧЕСКИЕ НАУКИ
ТРАНСПОРТ
ФАРМАЦЕВТИКА
ФИЗИКА
ФИЗИОЛОГИЯ
ФИЛОЛОГИЯ
ФИЛОСОФИЯ
ХИМИЯ
ЭКОНОМИКА
ЭЛЕКТРОТЕХНИКА
ЭНЕРГЕТИКА
ЮРИСПРУДЕНЦИЯ
ЯЗЫКОЗНАНИЕ
РАЗНОЕ
КОНТАКТЫ

загрузка...

Pages:     | 1 |   ...   | 24 | 25 || 27 | 28 |

«МАТЕРИАЛЫ 52-Й МЕЖДУНАРОДНОЙ НАУЧНОЙ СТУДЕНЧЕСКОЙ КОНФЕРЕНЦИИ МНСК–2014 11–18 апреля 2014 г. БИОЛОГИЯ Новосибирск 2014 УДК 15.010 ББК Ю 9 Конференция проводится при поддержке ...»

-- [ Страница 26 ] --

В процессе своей жизнедеятельности клетки подвергаются окислительному стрессу, в том числе, приводящему к повреждению оснований в ДНК, среди которых одним из наиболее распространенных является 8-оксогуанин (8-oxoGua). Данное основание в ходе репликации может образовывать с аденином Хугстеновскую пару, что в итоге приводит к мутации G:C A:T. Монофункциональная ДНК-гликозилаза MutY в E.coli, являясь одним из компонентов системы эксцизионной репарации оснований, проводит удаление аденина из неканонических пар A:8-oxoG и A:G.

Фермент взаимодействует с субстратами в несколько стадий, сопровождающихся конформационными изменениями как самого фермента, так и субстрата.

Использование метода остановленной струи для регистрации изменения собственной флуоресценции остатков триптофана белка и флуоресцеиновых меток в ДНК-cубстрате или лиганде позволяет исследовать конформационную динамику фермента и ДНК в ходе реакции. В качестве ДНК в работе использовались различные 12-звенные олигодезоксирибонуклеотидные дуплексы:

где X – G или 8-oxoG, а Y – C, A или THF (нерасщепляемый аналог АПсайта -тетрагидрофуран).

В результате работы получены кинетические кривые изменения интенсивности и анизотропии флуоресценции для взаимодействия аденинДНК-гликозилазы MutY дикого типа с рядом специфических и неспецифических субстратов, определены кинетические механизмы и значения констант скорости отдельных стадий. Методом радиоавтографии получены данные о расщеплении субстратов ферментом MutY дикого типа и его двумя мутантными формами MutY S120K и MutY A124K.

Подтверждено, что мутантный белок MutY S120K обладает свойствами бифункциональной ДНК-гликозилазы.

Научные руководители – д-р хим. наук, проф. О. С. Федорова, канд. хим. наук Н. А. Кузнецов

STRUCTURAL VARIATION IN CODON 655 HER2 GENE AND

BREAST CANCER

Aitkhozhin Institute of molecular biology and biochemistry, Almaty Breast cancer (BC) is the most common cancer among women in most of countries. Hereditary, lifestyle, urbanization and growing life expectancy are potential factors of BC risk. The structural changes in the polymorphic sites of coding regions of genome are also the potential factors of BC risk.

HER2 gene encodes a transmembrane protein with tyrosine kinase activity.

The protein product of this gene is involved in the activation of signaling pathways regulating normal growth and development of breast tissue. In the modern classification of HER2 overexpression is used as a prognostic marker and its presence in tumor tissue is associated with a poor prognosis and is an indication for a specific anti-HER2 therapy.

A case-control study of 264 BC patients (mean age 46.4 years) and healthy women (mean age 47.6 years) from Kazakh and Russian ethnic groups of women living in the territory of Kazakhstan was performed. Genotyping was performed by PCR-RFLP methods. The Pearson 2, Fisher exact test, and odds ratio (OR), 95 % confidence intervals (95% CI) were applied to data analysis.

No significant differences for determination alleles frequency and genotype distributions of codon Ile655Val in exon 21 HER2 gene were registered in both ethnic groups (genotypes: p=0.406 and p=0.787 respectively for the Kazakh and Russian groups;

alleles: p=0.237 and p=0.562, respectively). The increased risk of BC was not shown in carriers of Val allele (OR = 0.80 for Kazakh;

OR=1. for Russian groups).

Lack of association of codon Ile655Val with BC was shown for Caucasian, African-American, Latinas, Japanese, Greek, British and German populations.

The increased risk of BC in carriers of Val allele (OR=14.1) was evaluated only for the population of Shanghai China.

Thus we can say that Val allele carrier is not indicative risk factor for breast cancer, at least in the Kazakh and Russian ethnic groups of women who live in the Republic of Kazakhstan.

Scientific adviser – D. Bio. Sc. T. S. Balmukhanov

ХАРАКТЕРИЗАЦИЯ ПОТЕНЦИАЛЬНО ТЕРАПЕВТИЧЕСКИХ

БАКТЕРИОФАГОВ, СПЕЦИФИЧЕСКИХ К PROTEUS MIRABILIS

Новосибирский государственный университет Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН В настоящее время многие штаммы патогенных бактерий преобретают устойчивость к широкому спектру антибиотиков, поэтому в мире, возобновилось активное изучение бактериофагов с целью их использования в качестве антимикробных агентов.

Бактерии Proteus mirabilis (сем. Enterobacteriaceae) являются одной из основных причин инфекционного воспаления хирургических ран, а также вызывают заболевания урогенитального тракта. Целью данной работы являлось исследование четырех выделенных ранее бактериофагов, специфичных к Proteus mirabilis.

В ходе исследования получали препараты бактериофагов PM16, PM75, РМ85 и РМ93, определяли скорость адсорбции фага на клетках и время лизиса клеточной культуры, выделяли фаговую ДНК и определяли нуклеотидные последовательности данных фрагментов методом массового параллельного секвенирования и проводили их анализ с использованием базы данных GenBank и алгоритмов BLAST, BLASTX и DELTA-BLAST.

Размер геномов данной группы бактериофагов был приблизительно последовательностей не выявил гомологии с имеющимися в базе данных GenBank, что свидетельствует о том, что данные бактериофаги являются новыми, не описанными ранее бактериофагами. По-данным биоинформатического анализа геномов бактериофаги РМ85 и РМ93 были отнесены к роду SP6-likevirus, а бактериофаги PM16 и PM75 к роду phiKMVlikevirus. Оба эти рода принадлежат к подсемейству Autographivirinae, семействa Podoviridae порядка Caudovirales.

Таким образом, бактериофаги являются новыми таксономическими единицами в пределах подсемействa Autographivirinae.

Научный руководитель – канд. биол. наук В. В. Морозова

БИОИНФОРМАТИКА

ПОИСК СТАТИСТИЧЕСКИХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ ГЕНОВ НА

ДАННЫХ ПО МЕТАБОЛОМУ ПЛАЗМЫ КРОВИ ЧЕЛОВЕКА

С. Ж. Шарапов, Я.А. Цепилов, Я.С. Риед, К. Страух, К. Гигер Новосибирский государственный университет Институт генетической эпидемиологии, центр объединения Гельмгольца Основным методом картирования генов сложных признаков является полногеномный анализ ассоциаций (ПГАА). Он используется для исследования ассоциаций между картируемым признаком и большим числом (как минимум несколько сотен тысяч) маркерных локусов, равномерно распределенных по геному. В большинстве исследований ПГАА используется аддитивная модель наследования признака, в рамках которой не учитывается взаимодействия между генами (ВГ) и между генами и средовыми факторами. Поиск ВГ позволит найти ранее неизвестные гены, влияющие на анализируемые признаки, и улучшит наше понимание генетической архитектуры сложных признаков. Главной проблемой при поиске ВГ является высокая вычислительная сложность анализа всех возможных комбинаций генов. Альтернативным подходом для поиска ВГ является поиск локусов, потенциально вовлеченных во взаимодействие с помощью метода гетерогенности дисперсии. Данный метод показал свою работоспособность в ряде исследований. В данной работе мы применили метод гетерогенности дисперсии для анализа данных KORA-S4, являющиеся частью крупного популяционного исследования KORA (Collaborative Health Research in the Region of Augsburg). Данные содержат информацию о метаболоме плазмы крови (151 концентрация различных липидов, аминокислот и углеводов) человек в возрасте от 35 до 79 лет, проживающих в регионе Аугсбург, Южная Германия. Люди из данной выборки были прогенотипированных по 520,000 однонуклеотидным полиморфизмам (SNP) с использованием микрочипов Affymetrix 5.0. В результате были найдены локусы, потенциально вовлеченные во взаимодействие при формировании ряда концентраций липидов и аминокислот. На следующем этапе мы провели поиск факторов, с которыми взаимодействуют найденные локусы.

Полученные результаты являются основой для будущих исследований генетического контроля метаболома плазмы крови человека.

Научный руководитель – д-р биол. наук Ю. С. Аульченко

РАЗРАБОТКА БАЗЫ ДАННЫХ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ И ГЕННЫХ

СЕТЕЙ ДЛЯ КРЫС ЛИНИЙ OXYS И НИСАГ, СВЯЗАННЫХ

С ЗАБОЛЕВАНИЯМИ ЧЕЛОВЕКА

Новосибирский государственный университет Механизмы возникновения и развития многих заболеваний человека включают изменение экспрессии множества генов. Такие заболевания называют мультигенными. Для понимания механизмов развития мультигенных заболеваний человека применяют модели линий лабораторных животных;

зачастую исследование просто невозможно другими методами.

Для измерения экспрессии генов в клетках организма широкое применение получили микрочипы, которые позволяют одновременно отслеживать экспрессию десятков тысяч генов, создавая так называемый молекулярный портрет клетки. Для хранения данных, полученных на микрочипах и с помощью таких технологий, как секвенирование транскриптом, обмена информацией между научным сообществом, существуют Интернет-доступные базы данных. Базы данных обеспечивают сбор, хранение, стандартизацию представления данных.

В ИЦиГ СО РАН на основе линии крыс Вистар была получена линия крыс НИСАГ, моделирующая развитие гипертонической болезни – индуцируемое стрессом повышенное артериальное давление. Для исследования развития заболевания глаз – катаракты - была выведена линия преждевременно стареющих крыс OXYS, которым свойственны такие проявления возрастных болезней как дистрофия сетчатки, артериальная гипертензия, остеопороз, соответствующие наблюдаемым у человека. Имеются экспериментальные данные по экспрессии генов у этих модельных лабораторных животных, требующие систематизации и интеграции с международными базами данных.

Целью данной работы является разработка и создание базы данных экспрессии генов, связанных с развитием гипертонической болезни и ретинопатии у человека, для линий крыс НИСАГ и OXYS соответственно.

Компьютерный анализ групп генов, имеющих повышенную экспрессию в тканях этих линий лабораторных животных, позволит реконструировать генные сети – комплексы взаимодействующих генов и макромолекул, контролирующие развитие исследуемых заболеваний.

Научный руководитель - канд. биол. наук. Ю. Л. Орлов

МОДЕЛИРОВАНИЕ ПРОЦЕССОВ МОРФОДИНАМИКИ

РАСТИТЕЛЬНЫХ ТКАНЕЙ

Новосибирский государственный университет Одной из фундаментальных проблем современной биологии является изучение регуляции формообразования (морфогенеза) в процессе роста организма. Ключевым этапом такого изучения является реконструкция последовательности стадий преобразования формы.

В качестве основной модели данного исследования использована модель поддержания организационного центра в апикальной меристеме побега (АМП) растения. Изменение структуры АМП и ниши стволовых клеток в ней происходит из-за мутации ряда генов. Продукты экспрессии некоторых генов могут диффундировать между клетками АМП и регулировать экспрессию других генов. Для рассмотрения механизма регуляции пространственной структуры ниши стволовых клеток, в АМП используется модель типа «реакция-диффузия»[1].

Данная работа посвящена моделированию процессов морфодинамики в клетках растительных тканей. При моделировании процессов морфодинамики клеточных пластов необходимо обрабатывать большой объем данных с минимальными временными затратами, что и обеспечивают технологии массового параллелизма. Целью данной работы является разработка алгоритмов прямого моделирования с применением высокопроизводительных вычислительных технологий для задач изучения механизмов морфогенеза клеточного пласта. Изучены численные схемы и комплексы программ для моделирования процессов диффузии-реакции.

Разработаны параллельные алгоритмы и проведены расчеты на многопроцессорных вычислительных комплексах.

1. C. В. Николаев, У. С. Зубаирова, А. В. Пененко, Э. Д. Мелснесс (Е. D. Mjolsness), Б. Е. Шапиро (В. Е. Shapiro), академик Н. А. Колчанов.

Модель регуляции структуры ниши стволовых клеток в апикальной меристеме побега Arabidopsis Thaliana // Доклады академии наук 2013.

Т. 452. №3. С. 336-338.

Научный руководитель - канд. физ.-мат. наук А. В. Пененко

КОМПЬЮТЕРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ ПРОЦЕССА

САМООРГАНИЗАЦИИ БАКТЕРИАЛЬНОГО КОМПЛЕКСА

БЕЛКОВ MINCDE

Институт вычислительной математики и математической геофизики Процесс деления бактериальных клеток начинается с образования на клеточной мембране кольцеобразной структуры, называемой Z-кольцом, состоящей из полимеров белка FtsZ. Z-кольцо собирается в месте, разделяющем клетку примерно поровну, и является «строительным каркасом» для нижестоящих белков, участвующих в процессе деления клетки. Образованию Z-кольца предшествуют самоорганизационные механизмы, позиционирующие сборку Z-кольца в середине клетки. Одним из таких механизмов является комплекс белков MinCDE присутствующий в клетках Escherichia coli. На сегодняшний день процессы, приводящие к самоорганизации MinCDE, не до конца ясны, но активно изучаются.

Точное теоретическое описание многих процессов самоорганизации в биологических системах затруднено тем, что отследить динамику отдельных частиц таких систем в лабораторных условиях весьма сложно.

Таким образом, компьютерное моделирование в этой области играет важную роль и помогает подтвердить (или опровергнуть) предлагаемые теоретические модели и гипотезы. В настоящее время одним из самых эффективных инструментов дискретного моделирования процессов самоорганизации являются клеточные автоматы, позволяющие моделировать сложные нелинейные процессы в активных средах.

В данной работе предлагается клеточно-автоматная модель процесса самоорганизации комплекса белков MinCDE, моделирующая процессы полученные in vitro. Последнее обусловлено тем, что на данным момент существуют несколько работ, посвященных подробным экспериментальным исследованиям динамики белков MinCDE in vitro.

Таким образом, данные этих экспериментов сопоставляются с результатами компьютерного моделирования предложенной клеточноавтоматной модели. На основе этих результатов сделаны выводы относительно существующих гипотез и принципов самоорганизации бактериального комплекса белков MinCDE in vitro.

Научный руководитель – д-р техн. наук О. Л. Бандман

ИСПОЛЬЗОВАНИЕ МЕТОДА РЕЛЕВАНТНЫХ ВЕКТОРОВ И ЯДЕР

GSK И SupCK ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ T-КЛЕТОЧНЫХ ЭПИТОПОВ

Новосибирский государственный университет Предсказание Т-клеточных эпитопов является важной задачей биоинформатики в области иммунологии. В настоящее время для решения этой задачи широко применяются различные методы машинного обучения. Построение моделей с помощью ядра GSK [1] дает возможность выбрать различные способы параметризации пептидов, в том числе учитывающие сходство физико-химических свойств аминокислотных остатков, а также использовать в обучении пептиды различной длины.

Для построения достаточно точной регрессионной модели необходимо экспериментально охарактеризовать аффинность связывания молекулы MHC по крайней мере с 100-200 различными пептидами. На данный момент известно более 6000 аллельных вариантов молекул MHC, но достаточное количество экспериментальных данных имеется лишь для нескольких десятков алломорф MHC. Использование ядра SupCK [2], оценивающего сходство сайтов связывания пептидов различных алломорф молекул MHC, позволяет получить пан-MHC-специфические модели, способные предсказывать аффиность связывания пептидов даже с теми аллелями MHC, для которых известна только первичная структура.

В ходе данной работы на языках программирования R и C были реализованы ядра GSK и SupCK, использованные в дальнейшем для построения пан-MHC-специфических моделей, предсказывающих аффиность связывания пептидов с молекулами MHC I класса. Также была произведена оценка качества предсказания моделей, проведено сравнение качества предсказания между этими моделями и моделями, используемыми в программной системе TEpredict [3]. Полученные модели превзошли по качеству предсказания модели, реализованные в программе Tepredict, и могут быть использованы для решения практических задач.

1. Gigure S. et al. BMC BIOINFORMATICS, 2013, 14:82.

2. Hoffmann B. et al. BMC BIOINFORMATICS, 2010, 11:99.

3. Antonets D., Maksiutov A. Mol Biol (Mosk), 2010, 44(1):130-9.

Научный руководитель – канд. биол. наук Д. В. Антонец

МОДЕЛИРОВАНИЕ ПРОСТРАНСТВЕННО-РАСПРЕДЕЛЁННЫХ

БАКТЕРИАЛЬНЫХ СООБЩЕСТВ С ПОМОЩЬЮ

«ГАПЛОИДНОГО ЭВОЛЮЦИОННОГО КОНСТРУКТОРА»



Pages:     | 1 |   ...   | 24 | 25 || 27 | 28 |
 


Похожие материалы:

«СОВРЕМЕННЫЕ ТЕНДЕНЦИИ В НАУКЕ И ОБРАЗОВАНИИ Сборник научных трудов по материалам Международной научно-практической конференции Часть IV 3 марта 2014 г. АР-Консалт Москва 2014 1 УДК 001.1 ББК 60 Современные тенденции в науке и образовании: Сборник науч- С56 ных трудов по материалам Международной научно-практической конфе- ренции 3 марта 2014 г. В 6 частях. Часть IV. М.: АР-Консалт, 2014 г.- 172 с. ISBN 978-5-906353-82-5 ISBN 978-5-906353-86-3 (Часть IV) В сборнике представлены результаты ...»

«Палинологическая школа-конференция с международным участием МЕТОДЫ ПАЛЕОЭКОЛОГИЧЕСКИХ ИССЛЕДОВАНИЙ (Москва, 16-19 апреля 2014) Тезисы докладов International Palynological Summer School METHODS OF PALAEOENVIRONMENTAL RESEARCHES (Moscow, April, 16-19, 2014) Book of abstracts Москва – 2014 УДК 561: 581.33:551.71/.78 Методы палеоэкологических исследований. Тезисы докладов палинологической школы-конференции с международным участием / Ред. А.А. Величко, Н.С. Болиховская, Е.Ю. Новенко, С.С. Фаустов. ...»

«ФОРМИРОВАНИЕ ЭКОЛОГИЧЕСКОЙ КУЛЬТУРЫ И СРЕДА ОБИТАНИЯ НА ТЕРРИТОРИИ УРБОЭКОСИСТЕМ Сборник материалов Всероссийской научной конференции с международным участием (27–28 сентября 2012 года) Шуя 2012 УДК 502.52 Печатается по решению редакционно-издательского совета ББК 28.08 ФГБОУ ВПО Шуйский государственный педагогический Ф 43 университет Ф 43 Формирование экологической культуры и среда обита- ния на территории урбоэкосистем: Сборник материалов Всероссий- ской научной конференции (г. Шуя, 27-28 ...»






 
© 2013 www.kon.libed.ru - «Бесплатная библиотека научно-практических конференций»